透明模式的防火墙就好象是一台网桥(非透明的防火墙好象一台路由器)，网络设备(包括主机、路由器、工作站等)和所有计算机的设置(包括IP地址和网关)无须改变，同时解析所有通过它的数据包，既增加了网络的安全性，又降低了用户管理的复杂程度。
而与透明模式在称呼上相似的透明代理，和传统代理一样，可以比包过滤更深层次地检查数据信息，比如FTP包的port命令等。同时它也是一个非常快的代理，从物理上分离了连接，这可以提供更复杂的协议需要，例如带动态端口分配的H.323，或者一个带有不同命令端口和数据端口的连接。这样的通信是包过滤所无法完成的。
防火墙使用透明代理技术，这些代理服务对用户也是透明的，用户意识不到防火墙的存在，便可完成内外网络的通讯。当内部用户需要使用透明代理访问外部资源时，用户不需要进行设置，代理服务器会建立透明的通道，让用户直接与外界通信，这样极大地方便了用户的使用。
一般使用代理服务器时，每个用户需要在客户端程序中指明要使用代理，自行设置Proxy参数(如在浏览器中有专门的设置来指明HTTP或FTP等的代理)。而透明代理服务，用户不需要任何设置就可以使用代理服务器，简化了网络的设置过程。
透明代理的原理如下：假设A为内部网络客户机，B为外部网络服务器，C为防火墙。当A对B有连接请求时，TCP连接请求被防火墙截取并加以监控。截取后当发现连接需要使用代理服务器时，A和C之间首先建立连接，然后防火墙建立相应的代理服务通道与目标B建立连接，由此通过代理服务器建立A 和目标地址B的数据传输途径。从用户的角度看，A和B的连接是直接的，而实际上A 是通过代理服务器C和B建立连接的。反之，当B对A有连接请求时原理相同。由于这些连接过程是自动的，不需要客户端手工配置代理服务器，甚至用户根本不知道代理服务器的存在，因而对用户来说是透明的。
代理服务器可以做到内外地址的转换，屏蔽内部网的细节，使非法分子无法探知内部结构。代理服务器提供特殊的筛选命令，可以禁止用户使用容易造成攻击的不安全的命令，从根本上抵御攻击。
防火墙使用透明代理技术，还可以使防火墙的服务端口无法探测到，也就无法对防火墙进行攻击，大大提高了防火墙的安全性与抗攻击性。透明代理避免了设置或使用中可能出现的错误，降低了防火墙使用时固有的安全风险和出错概率，方便用户使用。
因此，透明代理与透明模式都可以简化防火墙的设置，提高系统安全性。但两者之间也有本质的区别：工作于透明模式的防火墙使用了透明代理的技术，但透明代理并不是透明模式的全部，防火墙在非透明模式中也可以使用透明代理。值得注意的是，虽然国内市场上很多防火墙产品都可提供透明代理访问机制，但真正实现透明模式的却不多——有很多厂商都宣称自己的防火墙产品实现了透明模式，但在实际应用中，他们往往做不到这一点，而只是实现了透明代理。当然，市场上也有很多产品能真正提供透明模式，如Netscreen、东方龙马、清华紫光等防火墙产品。
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